《新京报》采用四开版式，按报道内容分为4个叠次：A叠为时事评论、北京新闻、中国新闻、国际新闻、体育新闻，B叠为经济（财经）新闻和产业周刊，C叠为娱乐新闻和文化艺术新闻，D叠为消费新闻和生活杂志。

《新京报》以独立的立场和客观的报道为基本准则，追求新闻的真实性和可读性，追求言论的稳健性和建设性。《新京报》拥有330多名有新闻理想和职业精神的记者编辑，创办以来发表了大量有影响力的报道和评论，这些报道和评论为中国各大门户网站、各家广播电视广泛转载。

《新京报》有较高知名度的栏目和周刊有：时事评论、核心报道、目击、赛道周刊、娱乐周刊、书评周刊、汽车周刊、黄金楼市、地球周刊、北京地理、北京爱情等，这些栏目和周刊各自拥有众多忠实读者。

《新京报》版式风格简洁、现代、优雅，追求“厚报时代、轻松阅读”，注重图片与插图的应用，引领国内报媒进入“读图时代”。《新京报》摄影记者曾多人多次获得中国新闻摄影大奖，2006年，新京报记者还获得世界新闻摄影比赛(WORLD PRESS PHOTO,简称“WPP”)的三等奖。

《新京报》在有关政策允许的范围内，设置企业化的经营架构，把广告和发行纳入公司化运作，使其与采编内容截然分离，保持报纸的独立性和公信力。正是基于报纸的影响力和公信力，基于对报业经营市场化的深刻领会和不懈实践，《新京报》的品牌价值和经营业绩不断提升，连续两年被有关权威机构评为“中国最具投资价值的媒体”、“中国最有成长潜力的媒体”、“中国最新锐报纸”、“中国最有影响力的时政类报纸”等。2006年《新京报》广告刊例达到6.12亿元。